Esta nueva version que aun no es oficial debido que aun es el rc1 (release candidate #1) añade muchas mejores y arregla muchos de sus bugs, entre las mejoras mas importantes estan la de añadir subclases y super clases a tus objetocs (class).

var Animal = Class.create({

  initialize: function(name) {

    this.name = name;

  },

  eat: function() {

    return this.say("Yum!");

  },

  say: function(message) {

    return this.name + ": " + message;

  }

});// subclass that augments a method

var Cat = Class.create(Animal, {

  eat: function($super, food) {

    if (food instanceof Mouse) return $super();

    else return this.say("Yuk! I only eat mice.");

  }});

Tambien la opcion de ver las respuestas tipo JSON con objetos de javascript:

new Ajax.Request("/people/5.json", {        // >> GET /people/5.json HTTP/1.1

  onSuccess: function(transport) {          // << Content-type: application/json

    var person = transport.responseJSON;    // << { id: 5, name: "Tobie Langel",

    person.city  // "Geneva"                // <<   city: "Geneva", ... }

    ...

  }, method: "get" });

pero bueno, descarguenla y chequenla.

Sitio jsprototype

Descargar Prototype 1.6